Om haar opdracht te vervullen, organiseert de Academie een grote verscheidenheid van activiteiten over thema’s die de landen overzee rechtstreeks aanbelangen of over meer globale onderwerpen (zoals o.m. water, verwoestijning, opwarming van de aarde, enz.).
Essentieel kenmerk van deze activiteiten — die de Academie onderscheidt van geleerde genootschappen of andere organismen en haar zo bijzonder maakt — is hun multidisciplinariteit.
Sommige van de door de Academie georganiseerde manifestaties zijn toegankelijk voor het publiek (congressen, conferenties, colloquia, symposia, studiedagen, tentoonstellingen, enz.), andere zijn voorbehouden voor haar leden. Deze laatsten ontmoeten elkaar tijdens de maandelijkse klassezittingen waar voordrachten worden gehouden en verslag wordt uitgebracht van zendingen, hetzij door leden, hetzij door uitgenodigde sprekers. De teksten van de uiteenzettingen worden, na goedkeuring door de betrokken Klasse, in de Proceedings of the Royal Academy for Overseas Sciences gepubliceerd.
Op een permanente basis samengestelde Commissies brengen bepaalde leden samen op grond van hun interesses. Zo is er bij voorbeeld de Commissie voor de Belgische Overzeese Biografie, verantwoordelijk voor de publicatie van een verzameling levensbeschrijvingen gewijd aan Belgen of buitenlanders die overzee werkzaam waren en bijdroegen tot Belgiës naam en faam, en het Fontes Historiae Africanae Comité, dat instaat voor de publicatie van historische werken over Afrika. Andere, zoals bijvoorbeeld de Commissie Milieu en Ontwikkeling en de Commissie Strategieën en Ontwikkeling, buigen zich over belangrijke hedendaagse kwesties zoals o.m. duurzame ontwikkeling, armoede, verwoestijning, verstedelijking, tropische wouden of voeding.
Naast de hoger vermelde publicaties geeft de Academie Acta en Verhandelingen uit. De acta vloeien voort uit de organisatie van openbare zittingen zoals colloquia, congressen en conferenties. Verhandelingen zijn monografieën; in deze reeks verschijnen o.m. de in het kader van de jaarlijkse wedstrijden of prijzen van de Academie bekroonde werken.
De Academie kent namelijk verschillende wetenschappelijke prijzen toe. Elke Klasse schrijft jaarlijks twee wedstrijdvragen uit over de materie die haar aanbelangt. De auteurs van bekroonde werken dragen de titel van "Laureaat van de Koninklijke Academie voor Overzeese Wetenschappen".
De Academie kent momenteel zes Prijzen toe:
De Lucien Cahenprijs, die een verhandeling van hoge wetenschappelijke waarde over een onderwerp i.v.m. de overzeese geologische wetenschappen bekroont; de Jean-Jacques en Berthe Symoensprijs, toegekend aan de auteur van een werk over tropische limnologie; de Fernand Suykensprijs, die een werk over haveneconomie, -beheer of -techniek in ontwikkelingslanden bekroont; de Yola Verhasseltprijs , bestemd om veldwerk op het gebied van tropische geologie te financieren; de Romain Yakemtchoukprijs, die de auteur van een doctoraalscriptie over internationale betrekkingen of de vredesproblematiek met bijzondere aandacht voor de ontwikkelingslanden beloont en de Marthe Engelborghs-Bertelsprijs, die een verhandeling van hoge wetenschappelijke waarde over een onderwerp i.v.m. de overzeese geologische wetenschappen bekroont in verband met de Chinese leefwereld in brede zin van het woord.
Het Floribert Jurionfonds heeft tot doel bij te dragen tot de vorming van toekomstige bio-ingenieurs of dierenartsen door stages in derdewereldlanden te vergemakkelijken. De beurzen worden elk jaar toegekend op grond van projecten.
Het documentatiecentrum van de Academie werd in 2018 ondergebracht in de Koninklijke Bibliotheek te Brussel.
Men vindt er boeken en tijdschriften over de voornaamste overzeese regio’s: de reeksen zijn het resultaat van verschillende tientallen jaren ruil met meer dan 150 Belgische en buitenlandse instellingen; allemaal getuigenissen van het verleden, referenties voor de toekomst.